Doksycyklina jest antybiotykiem organicznym, który ma szeroki zakres działania. Dodatkowo, w przeciwieństwie do tetracyklin, doksycyklina dobrze wchłania się z przewodu pokarmowego, a jej oddziaływanie na nerki jest znikome. Wiele bakterii jest odpornych na tetracykliny, nie mają jednak odporności na doksycyklinę.
Tym samym, Doksycyklina jest zalecana celem zwalczenia:
- bakteryjne infekcje płuc i dróg oddechowych, takie jak zapalenie płuc lub przewlekłe zapalenie oskrzeli
- bakteryjne zapalenie zatok
- bakteryjne zakażenie układu moczowego
- nie gonokokowe zapalenie cewki moczowej
- rzeżączka
- Chlamydia
- kiła ( syfilis )
- choroby przenoszone drogą płciową powodujące owrzodzenia narządów płciowych
- rzadka choroba przenoszona drogą płciową określana mianem ziarniaka pachwinowego (donowanoza)
- zapalenie narządów miednicy mniejszej
- trądzik pospolity
- trądzik różowy
- bakteryjne zapalenie oka
- zakażenie wirusem opryszczki
- zakażenia powodowane przez riketsje
- borelioza
- choroby przenoszone przez ptaki np.: Chlamydia psittaci
- bruceloza
- rzadka choroby gryzoni i królików przenoszona na człowieka – Tularemia
- choroba zakaźna – Meliodoza
- choroba odzwierzęca – choroba Stuttgardzka, choroba Weila, Leptospiroza
- tężec
- cholera
- dżuma
- ciężka postać gangreny spowodowana infekcją bakteryjną
- pełzakowica spowodowana infekcją wywołaną przez pierwotniaki
- malaria spowodowana przez Plasmodium falciparum
Antybiotyk ten zwalcza zarówno infekcje bakteryjne, jak i te, które wywołane są przez pierwotniaki.