De toepassing van de crème op genitale wratten in de genitale gebieden en rond de anus mag alleen worden gedaan na het zorgvuldig wassen van deze gebieden. De crème moet dun worden aangebracht en vervolgens worden ingewreven totdat het volledig is geabsorbeerd. Het wordt aangeraden om de crème drie keer per week voor het slapen te gebruiken. Aldara kan op de huid blijven zitten gedurende 6 tot 10 uur, dus is het het beste te gebruiken in de avond. Het toepassingsgebied moet worden gewassen in de ochtend met een milde zeep. De behandeling wordt gewoonlijk voortgezet over een periode van 16 weken waarna de wratten volledig moeten zijn verdwenen.
In een therapie gericht op het vernietigen van de neoplasma-achtige cellen moet je de gereinigde huid in het getroffen gebied insmeren met een één cm extra marge eromheen en de crème inwrijven totdat het is geabsorbeerd. In geval van dergelijke aandoeningen moet je de crème vijf keer per week voor het slapen gaan gebruiken. De crème moet ongeveer acht uur op de huid blijven zitten en dan moet het met warm water en een mild schoonmaakmiddel gewassen worden. De behandeling dient ten minste 12 weken te duren. Na deze tijd moet je een arts bezoeken die de voortgang van de behandeling zal beoordelen.
Bij de behandeling van actinische keratose/seniele keratose dient de crème drie keer per week te worden gebruikt. De behandeling moet aangebracht worden op de gereinigde huid en dan worden ingewreven tot volledige absorptie. Aldara crème moet gedurende acht uur op de huid blijven en vervolgens afgewassen worden met een milde zeep. De behandeling duurt minimaal vier weken. Na deze tijd moet je een arts bezoeken die de voortgang van de behandeling zal beoordelen en een andere therapie zal voorschrijven als dat nodig is om de symptomen van de ziekte volledig te behandelen.